การประชุมวิชาการนี้มีการจัดขึ้นอย่างต่อเนื่องทุกปี ตั้งแต่ปี พ.ศ.2537 โดยการประชุมวิชาการวิศวกรรมโยธาแห่งชาติ ครั้งที่ 1 จัดขึ้นในการดูแลของ ศ.ดร.วรศักดิ์ กนกนุกูลชัย ซึ่งเป็นประธานคณะกรรมการสาขาวิศวกรรมโยธา วสท. ในสมัยนั้น โดยจัดร่วมกับสาขาวิศวกรรมโยธา มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี ระหว่างวันที่ 3-4 พฤศจิกายน 2537 ณ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี จังหวัดนครราชสีมา ซึ่งทุกครั้งก่อนการจัดการประชุมวิชาการฯ จะมีการนัดประชุมหัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมโยธาจากทั่วประเทศ โดยใช้ชื่อการประชุมว่า “การประชุมโยธาแห่งชาติ” เพื่อระดมความคิดเห็นจากมหาวิทยาลัยต่างๆ ทั่วประเทศ เพื่อให้ได้แนวคิด และรูปแบบการจัดงานที่น่าสนใจ และเป็นประโยชน์ต่อผู้ร่วมงาน

ต่อมาในปี พ.ศ.2558 รศ.เอนก ศิริพานิชกร ประธานสาขาวิศวกรรมโยธา วสท. และประธานคณะกรรมการกลางจัดการประชุมวิชาการวิศวกรรมโยธาแห่งชาติ ดำรงตำแหน่งในวาระปี 2557-2559 และ 2560-2562 ได้จัดให้มีการประชุมโยธาแห่งชาตินอกสถานที่ ในวันที่ 18 ธันวาคม 2558 ณ ศูนย์พัฒนาบุคลากร บริษัท ฤทธา จำกัด จังหวัดนครราชสีมา ในการประชุมครั้งนี้ รศ.เอนก ศิริพานิชกร ได้เสนอให้เปลี่ยนชื่อการประชุมจาก การประชุมโยธาแห่งชาติ เป็นการประชุมที่ประชุมหัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมโยธาแห่งประเทศไทย และในปี พ.ศ.2562 จากการประชุมที่ประชุมหัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมโยธาแห่งประเทศไทย ในวันที่ 10 กรกฎาคม 2562 ในระหว่างการประชุมวิชาการวิศวกรรมโยธาแห่งชาติ ครั้งที่ 24 ณ ห้องนายูง โรงแรมเซ็นทาราและคอนเว็นชั่นเซ็นเตอร์ จังหวัดอุดรธานี รศ.เอนก ศิริพานิชกร ได้เสนอให้มีการจัดทำเว็บไซต์การประชุมที่ประชุมหัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมโยธาแห่งประเทศไทย ภายใต้คณะกรรมการสาขาวิศวกรรมโยธา วิศวกรรมสถานแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ขึ้น เพื่อเป็นแหล่งรวบรวมข้อมูลที่สำคัญทางวิศวกรรม และเผยแพร่ความรู้ รวบรวมวารสาร และประชาสัมพันธ์ข่าวสารต่างๆ ในแวดวงวิศวกรรมโยธา ให้แก่วิศวกรสาขาวิศวกรรมโยธาสืบเนื่องต่อไปในอนาคต